Сюжет визуальной новеллы «Stalker. Раб монолита» начинается после событий игры «Тени Чернобыля». Игрок берёт на себя роль бойца группировки «Монолит», к которому возвращаются память и свобода воли. От действий игрока зависит судьба главного героя и других второстепенных персонажей. В игре нелинейный сюжет и множество концовок, которые зависят от выбора игрока.