Плагин поддержки патчей ApkEditor для Apktool M. В меню проекта сверху добавляется выбор патча.

Имейте ввиду, что некоторые патчи ApkEditor сделаны исключительно под форматирование текста в ApkEditor, несмотря на использование регулярных выражений. Их придётся исправлять.